Kelompok akatsuki yang sudah mati tiba-tiba hidup kembali dan menyerang konoha. Pada saat malam harinya tiba- tiba tobito datang dan mengeluarkan sebuah cahaya yang membuat naruto dan sakura terlempar ke dunia yang berbanding terbalik dari dunia asli mereka. untuk kembali ke dunia asalnya naruto dan sakura harus mengalahkan madara yang saat itu dibantu oleh seseorang dari dunia lain itu, dan satu-satunya cara untuk menghentikan madara adalah dengan cara menggunakan sebuah gulungan yang ditinggalkan oleh jiraiya.